Das Präsidium des BDE leitet die Tätigkeiten des Verbandes nach mit dem Vorstand abgestimmten Richtlinien. Der Präsident vertritt den Verband in allen Angelegenheiten. Er kann von bis zu fünf ehrenamtlich tätigen Vizepräsidenten vertreten werden.
Der Präsident des korporativen Mitgliedes Verband der Bayerischen Entsorgungsunternehmen e. V. (VBS) ist in das Präsidium des BDE kooptiert. Weitere Mitglieder können ebenfalls in das Gremium kooptiert werden.
Seit 2009 kann der Verband von einem Hauptgeschäftsführer oder hauptamtlichen Präsidenten geführt werden. Nach einer entsprechenden Satzungsänderung durch die Mitgliederversammlung wählte das Präsidium Peter Kurth zum Geschäftsführenden Präsidenten. Kurth leitete den Verband bereits seit 2008 im Ehrenamt.
Persönlichkeiten, die über eine langjährige Verbandserfahrung verfügen, können darüber hinaus in den Ehrenrat des BDE berufen werden. Der Ehrenrat kann aus bis zu vier Mitgliedern bestehen, wacht über die Einhaltung der Satzung und entscheidet in Angelegenheiten, zu denen er angerufen wird.
PreZero Stiftung & Co. KG, im Präsidium zuständig für Biomasse
Buhck Umweltservices GmbH & Co. KG, im Präsidium zuständig für Umweltrecht und Wettbewerb
Nehlsen AG, im Präsidium zuständig für Digitalisierung und Logistik
Veolia Deutschland GmbH, im Präsidium zuständig für Kreislaufwirtschaft
Meinhardt Städtereinigung GmbH & Co. KG, im Präsidium zuständig für Tarif und AG Verband
Jakob Becker GmbH & Co. KG, im Präsidium zuständig für Sonderabfallwirtschaft
REMONDIS Sustainable Services GmbH, im Präsidium zuständig für Europa, Wasser, fAK Öffentlichkeitsarbeit und Kommunikation
Böhme GmbH Wertstofferfassung, Präsident des Verbandes der Bayerischen Entsorgungsunternehmen e.V. (VBS)
Alba Services Holding GmbH / Interseroh+ GmbH , im Präsidium zuständig für Systemgeschäft (*gewähltes Mitglied im Vorstand)
EEW Energy from Waste GmbH
Guido Adomßent
Veolia Umweltservice & Consulting GmbH
Bernfried Ahle
Rheinische Recycling GmbH
Carsten Dülfer
PreZero Service Deutschland GmbH
Gustav Henrik Edelhoff
Lobbe Holding GmbH & Co. KG
Dr. Andreas Fehr
Fehr Umwelt Hessen GmbH & Co. KG
Dr. Fritz Flanderka
Reclay Systems GmbH
Bernd Fleschenberg
TSR Recycling GmbH & Co. KG
Stephan Garvs
PreZero Dual GmbH
Kathrin Gerber-Schaufler
Mittelbadische Entsorgungs- und Recycling-Betriebe GmbH
Steffen Gurdulic
Knettenbrech + Gurdulic Service GmbH & Co. KG
Dr. Christian Hower-Knobloch
MVV Umwelt GmbH
Daniel Imhäuser
Blasius Schuster KG
Jochen Kilb
Kilb Entsorgung GmbH
Dr. Henning Knorr
Karl Meyer AG
Rainer Kröger
ALBA Group plc & Co. KG
Peter Kurz
Kurz Entsorgung GmbH
Robert Ristow
REMONDIS Wasser & Energie GmbH
Gloria Schönmackers
Schönmackers Umweltdienste GmbH & Co. KG
Lutz Siewek
Nehlsen GmbH & Co. KG
Nadine Speidel
GlobalFlow GmbH
Felix Steingaß
Jakob Becker Entsorgungs-GmbH
Reinhard Van Vlodrop
EGN Entsorgungsgesellschaft Niederrhein mbH
Michael Wieczorek
Lobbe Umweltservice GmbH & Co KG
Marcell Wiese
Lobbe Entsorgung GmbH
Klaus Wohnig
Atmedio GmbH
Otto Heinz
HEINZ Entsorgung GmbH & Co. KG
Dr. Johannes F. Kirchhoff
FAUN Umwelttechnik GmbH & Co. KG
Dr. Armin Vogel
SSI Schäfer Plastics GmbH
Jakob Becker GmbH & Co. KG
Lobbe Holding GmbH & Co. KG
Rethmann SE & Co. KG