Das Präsidium ist das zentrale Entscheidungsorgan des BDE. Es leitet die Tätigkeiten des BDE nach mit dem Vorstand abgestimmten Richtlinien. Der Präsident vertritt den Verband in allen Angelegenheiten. Er kann von bis zu fünf ehrenamtlich tätigen Vizepräsidenten vertreten werden.
Der Präsident des korporativen Mitgliedes VBS e. V. ist in das Präsidium des BDE kooptiert. Weitere Mitglieder können ebenfalls in das Gremium kooptiert werden.
Seit 2009 kann der Verband von einem Hauptgeschäftsführer oder hauptamtlichen Präsidenten geführt werden. Nach einer entsprechenden Satzungsänderung durch die BDE-Mitgliederversammlung wählte das BDE-Präsidium Peter Kurth zum Geschäftsführenden Präsidenten. Kurth leitete den Verband bereits seit 2008 im Ehrenamt.
Persönlichkeiten, die über eine langjährige Verbandserfahrung verfügen, können darüber hinaus in den Ehrenrat des BDE berufen werden. Der Ehrenrat kann aus bis zu vier Mitgliedern bestehen, wacht über die Einhaltung der Satzung und entscheidet in Angelegenheiten, zu denen er angerufen wird.
Buhck Umweltservices GmbH & Co. KG
Veolia Deutschland GmbH
Meinhardt Städtereinigung GmbH & Co. KG
Jakob Becker GmbH & Co. KG
REMONDIS Assets & Services GmbH & Co. KG
GreenCycle Stiftung & Co. KG
SUEZ Deutschland GmbH
Nehlsen AG
Heinz Entsorgung GmbH & Co. KG
Vorstand
Bernfried Ahle
Rheinische Recycling GmbH
Katrin Brenner
REMONDIS Wasser & Energie GmbH
Gustav Henrik Edelhoff
Lobbe Holding GmbH & Co. KG
Andreas Fehr
Johannes Fehr GmbH & Co. KG
Bernd Fleschenberg
TSR Recycling GmbH & Co. KG
Stephan Garvs
PreZero Wertstoffmanagement Deutschland GmbH & Co. KG
Steffen Gurdulic
Knettenbrech + Gurdulic Service GmbH & Co. KG
Markus Hauck
EEW Energy from Waste GmbH
Dr. Christian Hower-Knobloch
MVV Umwelt GmbH
Jochen Kilb
Kilb Entsorgung GmbH
Dr. Henning Knorr
Karl Meyer AG
Rainer Kröger
ALBA Group plc & Co. KG
Peter Kurz
Kurz Entsorgung GmbH
Markus Müller-Drexel
Interseroh Dienstleistungs GmbH
Peter Pester
SUEZ Deutschland GmbH
Lutz Siewek
Nehlsen GmbH & Co. KG
Felix Steingaß
Jakob Becker Entsorgungs-GmbH
Reinhard Van Vlodrop
EGN Entsorgungsgesellschaft Niederrhein mbH
Michael Wieczorek
Lobbe Entsorgung West GmbH & Co. KG
Marcell Wiese
Lobbe Entsorgung GmbH
Klaus Wohnig
APK AG
Kooptierte Mitglieder des Vorstands
Dr. Armin Vogel
Fritz Schäfer GmbH
Jakob Becker GmbH & Co. KG
Lobbe Holding GmbH & Co. KG
Rethmann SE & Co. KG